В 2000 году в связи со строительством 1-го энергоблока Ростовской атомной станции на основании приказа Федерального управления Медико-биологических и экстремальных проблем при  Министерстве здравоохранения Российской Федерации от 31 августа 2000 года № 129з было создано  Государственное учреждение «Медико-санитарная часть № 5 Федерального управления Медико-биологических и экстремальных проблем».

На основании приказа Федерального медико-биологического агентства от 25 апреля 2005 года № 180 Государственное учреждение «Медико-санитарная часть № 5 Федерального управления Медико-биологических и экстремальных проблем» было переименовано в Федеральное государственное  учреждение здравоохранения  Медико-санитарная часть № 5  Федерального медико-биологического агентства». 

В связи с изданием Федеральным медико-биологическим агентством приказа от  20 мая  2011 года № 121у учреждение переименовано в Федеральное государственное бюджетное учреждение здравоохранения «Медико-санитарная часть № 5 Федерального медико-биологического агентства».

В 2014 году в соответствии с приказом Федерального медико-биологического агентства от 26 августа 2014 года № 216 проведена реорганизация учреждения, в результате которой с 7 октября 2014 года «Медико-санитарная часть № 5» была лишена статуса юридического лица и присоединена в качестве филиала к Федеральному государственному бюджетному учреждению здравоохранения «Новороссийский клинический центр Федерального медико-биологического агентства».

МСЧ №5 ФГБУЗ НКЦ ФМБА России расположена в приспособленном двухэтажном здании в центре старой части города Волгодонска и занимает площадь 945,3 м². В состав МСЧ №5 ФГБУЗ НКЦ ФМБА России входят поликлиника с мощностью 250 посещений в смену и врачебный здравпункт, работающий круглосуточно, расположенный в здании административного корпуса Ростовской атомной станции.

Основной задачей Учреждения является сохранение и укрепление здоровья персонала прикрепленных организаций путем оказания высококвалифицированной медицинской помощи, проведения лечебно-профилактических и санитарно-гигиенических мероприятий в обслуживаемых организациях, направленных на предупреждение профессиональной заболеваемости, общей заболеваемости, заболеваемости с временной утратой трудоспособности, производственного и бытового травматизма, организации мероприятий на случай аварии на Ростовской АЭС.

 С момента организации и вплоть до 2015 руководство Медико-санитарной частью № 5 осуществлял Чемонин Александр Александрович. Затем начальником учреждения был назначен Пономарь Роман Васильевич, которого в 2019 году сменил Кудинов Олег Анатольевич.

В октябре 2023 года на должность начальника Медико-санитарной части № 5 назначена Михайлова Наталья Павловна.